理由はいくつかあります。
能力の高くベクトルの合わない従業員は、見方に鉄砲を撃ちます。
後ろから鉄砲を撃たれてはかないません。勘弁してよ。です。
能力の高い人の傾向は、人が馬鹿に見えることです。上司を見下し、上の命令を聞きません。組織としては使いづらいです。店長命令を聞いてくれないと困ります。最後の責任は店長が取るからです。

現在、能力が低くてもベクトルのあった従業員は組織にとって結構良いことがあります。能力は3年で誰でも熟練します。上司の言うことは素直に聞いてくれます。

「オッドマンセオリー」といってチームの全員が優秀だと成果が上がらないという説があります。一人足を引っ張るドジな人間がいたほうが、組織はかえって結束します。つまり、優秀な人材ばかり集めても組織はなかなかうまくいいきません。

過去に、プロ野球の巨人が、優秀な４番バッターばかり集めてチームとしてうまく機能しない時期があったと思います。

私の経験上、成果をあげる組織を作るには「オッドマンセオリー」を上手に利用した人事が大事と思います。